節税対策をしているため、利益をほぼ出していません。その場合でも会社は売却できますか？

売却できます。
会社や事業の価値は、節税していない場合の収益力から判断します。
例えば、役員報酬が非常に高い、または生命保険に加盟して表面上の利益を最小にしている場合などは、会社売却後に社長様や役員が引退されると仮定すると高い収益見込みがあると試算されます。